深刻な人材不足に悩む中小企業において、即戦力となる外国人材を確保できる在留資格特定技能は今や欠かせない選択肢となっています。しかし、特定技能をはじめとする外国人の雇用手続きは、法改正やシステムのアップデートが非常に多く、常に最新の情報を追いかけなければ思わぬ労務トラブルに発展しかねません。

2026年6月14日より、出入国在留管理庁（入管庁）において特定在留カード等交付申請という新しいオンライン申請の運用が開始されます。これにより、特定技能外国人を受け入れる企業や登録支援機関の手続きプロセスが大きく変わるため、人事担当者様はいち早い情報キャッチアップが必要です。

本記事では、入管庁の最新発表に基づき、2026年6月からスタートする特定在留カード等交付申請の概要やメリット、企業が満たすべき実務上の条件や注意点についてわかりやすく解説します。

2026年6月14日スタート！「特定在留カード等交付申請」の概要とメリット

特定在留カード等交付申請の基本概要

特定在留カード等交付申請とは、出入国在留管理庁が2026年6月14日から新たに運用を開始する、在留カード等の交付にかかる新しいオンライン手続きのことです。
これまで、特定技能外国人の在留資格変更許可や在留期間更新許可などがオンラインで承認された後、新しい在留カードを受け取るためには、窓口に赴くか、あるいは郵送でやり取りを行う必要がありました。
今回の新運用の開始により、カードの交付申請プロセスもオンライン上で一本化・効率化され、企業のビザ管理業務の負担が大幅に軽減されることが期待されています。

なお、特定技能制度そのものの基本的な仕組みや、受け入れ可能な16の対象分野について改めておさらいしたい方は、こちらの記事もあわせて参考にしてください。

新運用の対象となる手続きと企業側のメリット

この新運用が開始されることで、特定技能外国人を雇用する企業（特定技能所属機関）や、実務を代行する登録支援機関、行政書士などは、パソコンやスマートフォン等の画面上から一連の交付手続きを進めることが可能になります。
主なメリットは、入国管理局の窓口に並ぶ時間や郵送による書類往復のタイムラグが削減され、業務が大幅に効率化される点です。さらに、進捗状況をオンラインで追跡できるため、「手続きがどこで止まっているか」が明確になり、人事担当者の管理負担が軽減されます。

何が変わる？従来のオンライン申請と「特定在留カード等交付申請」の違い

従来の在留カード受け取り方法における課題

これまでのオンライン申請システムは、あくまで申請書の提出と審査結果の通知までが主たる機能でした。そのため、審査が許可となった後の最終ステップである新しい在留カードの受け取りに関しては、人事担当者が直接入管のオフィスに出向くか、書留郵便等で古い在留カードと返信用封筒を送付して新しいカードを待つという、アナログな作業が残されていました。
これが、複数人の外国人スタッフを抱える中小企業の人事担当者様にとって、「業務が煩雑になる」「パスポートやカードの原本管理に気を遣う」という大きな負担となっていたのです。

将来的に、技能の習得によって在留期間の上限がなくなる2号への移行を見据えている場合、こうした事務手続きの頻度はさらに増えるため、デジタル化による効率化の恩恵は計り知れません。
※特定技能2号の要件やメリットについては、こちらの記事で詳しく解説しています。

2026年6月以降のデジタル化された手続きフロー

新運用が始まると、審査完了の通知を受けた後、システム上で特定在留カード等交付申請を行うことで、交付に必要な手数料の納付（電子納付など）からカードの発送依頼までをWeb上で完結できるようになります。
これにより、人事担当者が入管の窓口に足を運ぶ回数は実質的にゼロに近づき、本来の業務である外国人材の教育や職場定着のための面談にしっかりと時間を割くことができるようになります。

知っておくべき基本仕様：「特定在留カード」と「新様式カード」の違い

在留カードとマイナンバーカードの一体化（任意取得）

2026年6月14日の法改正に伴い、日本に中長期在留する外国人を対象に、在留カードとマイナンバーカードの機能を1枚に統合した特定在留カードの運用が始まります。
これまで外国人は、入管庁が管理する在留カードと、市区町村が管理するマイナンバーカードの2枚を持ち、それぞれの更新手続きを別々の窓口で行う必要がありました。これが1枚に集約されることで、外国人本人の利便性が大きく向上します。
ただし、この一体化（特定在留カードの取得）はあくまで任意です。そのため、2026年6月以降、社内の外国人従業員が所持するカードは「特定在留カード（一体型）」を希望する人と、希望せず従来通りの2枚持ちを続ける人のパターンが混在することになります。

カード表面（券面）の記載事項・デザインの見直し

特定在留カードの導入と同時に、一体化を希望しない外国人に交付されるカードも含め、在留カード全体のデザインや記載事項の仕様（様式）が見直されます。
特に実務上、人事担当者様が注意しなければならないのが券面（カードの表面）の記載内容です。新仕様のカードでは、プライバシー保護や偽変造防止の観点から、カード表面に記載されていた詳細なデータの一部（在留期間や許可日など）がICチップ内のみの記録に変更される、または記載位置が見直される予定です。
そのため、今後はカードの表面を目視するだけでは、正確な在留期限が即座に確認できないケースが出てきます。

人事担当者が今すぐ備えるべき「雇用管理」への影響

このカードの仕様変更は、企業の採用・労務管理に直接影響を与えます。
まず、外国人スタッフの在留資格や期限を確認する際、これまでのカードの表裏をコピーして目視確認するだけの方法では不十分になる可能性があります。今後は、入管庁が提供する在留カード失効照会アプリや、ICチップの読み取り端末・システムを活用した確認フローへの移行を検討しなければなりません。
また、一体型の特定在留カードをコピーして社内で保管する場合、マイナンバー（個人番号）の取り扱いに関するセキュリティや法令遵守のルール（収集・保管の制限）が厳格に適用されるため、従来の在留カードよりも個人情報の管理をさらに慎重に行う必要があります。

受け入れ企業（特定技能所属機関）が今すぐ確認すべき実務運用の基準

オンライン申請の対象となる「特定技能16分野」と所属機関の要件

この新しい特定在留カード等交付申請は、特定技能のすべての分野（介護、ビルクリーニング、工業製品製造業、建設など全16分野）の外国人材を雇用している企業が対象となります。
自社がどの分野で外国人を受け入れているかに関わらず、特定技能ビザの更新や変更を行うすべてのタイミングで関わってくる新ルールです。

どれだけ手続きがオンラインで便利になったとしても、受け入れ企業自身が特定技能所属機関としての適格基準（日本人と同等以上の報酬、法令遵守など）を満たしていなければ、当然ながらビザの更新もカードの交付も認められません。 このあたりの受け入れ企業の義務や、今後導入が予定されている新制度との違いについてはこちらの記事にまとめていますので、あわせてご一読ください。

特定在留カード等交付申請を成功させるために

026年6月14日から開始される特定在留カード等交付申請は、中小企業の人事担当者様にとって、特定技能外国人に関する事務負担を大きく軽減してくれる待望の新運用です。

しかし、新システムの操作に慣れるまでの準備や、特定技能の受け入れ基準そのものを正しく守るという本質的な部分は変わりません。最新の入管庁の動向を正確に把握し、コンプライアンスを遵守したスムーズな外国人雇用を進めていきましょう。

この記事で紹介した内容を踏まえ、まずは自社の状況について以下の項目を確認しましょう。

• 2026年6月14日以降に在留期間の更新や資格変更を迎える外国人材が社内にいるか
• 「出入国在留管理庁電子届出システム」や「在留申請オンラインシステム」のIDをすでに取得・把握しているか
• 2026年6月の新運用スタートに向け、社内のビザ更新手続きマニュアルを更新する準備ができているか

特定技能のオンライン申請や新運用の導入は、事前の正確なシステム理解とコンプライアンスのチェックが成功のカギです。新システムへの対応や、必要書類のデータ作成、日々の支援体制の構築に少しでも不安がある場合は、専門家に相談することで手続きの遅延や法違反のリスクを大幅に減らせます。

サプルでは、最新の出入国在留管理庁の指針やシステムアップデートに基づき、特定技能に関する個別のご相談から、新システムを用いた受け入れ準備、煩雑な申請手続きのトータルサポートまで対応しております。

「新しく始まる特定在留カード等交付申請の具体的な進め方を知りたい」「オンライン申請の環境設定で迷っている」など、制度の活用をご検討中の企業様は、ぜひお気軽にお問い合わせください。外国人材の活躍を通じた貴社の持続的な成長を、全力でバックアップいたします。

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出典・参考

• 【※2026年6月14日運用開始※】特定在留カード等交付申請について
• 在留カードとは？（出入国在留管理庁）